नेपालमा पशु पंछीमा लाग्ने विभिन्न रोगहरुका कारण पशु उत्पादन, जन स्वास्थ्य र पशु तथा पशुजन्य पदार्थको व्यापारमा प्रतिकूल असर परिरहेको छ भने पशु रोग सुचना भरपर्दो, पारदर्शी र व्यवस्थित हुनु पर्ने आवश्यकता महसुस गरिएकोछ । यसका अतिरिक्त नेपालबाट कुनै पनि पशु रोगको उन्मुलनको लागी पशु रोग सूचना प्रणालीलाई विश्वसनीय र प्रभावकारी बनाउन आवश्यक छ भने नेपाल विश्व व्यापार संगठनको सदस्य भैसकेको अवस्थामा पनि पशु रोग सुचना व्यवस्थापनको कार्यको महत्व बढ्दै गएकोछ ।

सन् 1996 अघिसम्म केन्द्रीय पशु स्वास्थ्य केन्द्र, केन्द्रीय भेटरीनरी प्रयोगशाला र तत्पश्चात संक्रामक रोग नियन्त्रण र परजीवि नियन्त्रण आयोजना अन्र्तगत पशु रोग सबन्धी सुचना संकलन गर्ने गरिएता पनि रोग सुचनाको पुर्णता, उपयोगिता र महत्व सीमित थियो । गौगोटी रोग उन्मुलनको सिलसिलामा नेपाल सन् 1996 मा विश्व पशु स्वास्थ्य संघ (OIE) को सदस्य बने पछि राष्ट्रिय भेटरीनरी सेवा (National Veterinary Service) ले निश्चित अन्र्तराष्ट्रिय मापदण्ड अनुरुप पशु रोग सबन्धी सुचना संकलन र व्यवस्थापन गरी नियमित र अनिवार्य रुपमा पठाउनू पर्ने जिम्मेवारी रही आएकोछ । यी सबै कूरालाई दृष्टिगत गरी गौगोटी रोग उन्मुलनको सिलसिलामा यूरोपियन यूनियनको सहयोगमा सन्चालित पशु स्वास्थ्य सेवा सूदृढिकरण आयोजनाले सेन्ट्रल इपिडेमियोलोजी यूनिट (Central Epidemiological Unit) स्थापना गर्न आर्थिक तथा प्राविधिक सहयोग प्रदान गरी पुर्वाधार तथा जनशक्ति विकास, अन्र्तराष्ट्रिय मापदण्ड अनूरुप पशु रोग सुचना व्यवस्थापन प्रणालीको विकास गरिएकोछ । यस्तै खाद्य कृषि संघ (Food and Agriculture Organization) को प्राविधिक सहयोग कार्यक्रम अन्र्तगत सन्चालित TCP/NEP/2902 बाट सीमाविहिन पशु रोगहरुको सुचना तथा जनचेतना कार्यलाई समयको माग बमोजिम सुधार गर्दै लैजाने क्रममा भौतिक एवं प्राविधिक सहयोगबाट कार्यदक्षता, रोग सुचना प्रणालीको सूदृढिकरण र गौगोटी र पी. पी. आर. जस्ता महामारी रोगहरुको आकस्मिक पुर्व तैयारी योजना तयार गर्ने जस्ता कार्यक्षमता अभिवृध्दि हून पूगेकोछ ।

हालको स्थितिमा यस यूनिटले विश्व पशु स्वास्थ्य संघमा नियमित रुपमा रोग सुचना पठाउने लगायत क्षेत्रीय पशु रोग निदान प्रयोगशालालाई रोग सुचना व्यवस्थापन तथा सुचना प्रवाह कार्यमा सहयोग प्रदान गरि आएकोछ । यस्तै पशु स्वास्थ्य निर्देशनालयलाई विशेष कार्यक्रमको योजना, बजेट र कार्यान्वयन जस्ता कार्यमा सहयोग पु¥याउदै आएकोछ । यसरी यस यूनिटले खेल्दै आएको भुमिकालाई स्थायित्व दिन र संस्थागत रुपमा पशु रोग सूचना व्यवस्थापन प्रणालीको विकास गर्न भेटेरीनरी इपिडेमियोलोजी केन्द्रको स्थापना हुनु पर्ने आवश्यकता महुूस गरी आ. व. २०६०।०६१को अवधिमा विधिवत स्थापना गर्न नीतिगत निर्णय गरियो । सोही अनूरुप २०६१ साल साउन १ गते देखि पशु स्वास्थ्य निर्देशनालय अन्र्तगत भेटेरीनरी इपिडेमियोलोजी केन्द्र आर्थिक, प्रशासनिक र प्राविधिक दृष्टिकोणले छूट्टै निकायको रुपमा क्रियाशील हु‌ँदै आएकाेमा स‌घीयता पश्चात सांगठानिक  पुनर्संरचना हुँदा पशु सेवा विभागमा गाभिएर विभागको पशुपन्छी रोग अन्वेषण तथा नियन्त्रण महाशाखा अन्तरगत भेटेरीनरी इपिडेमियोलोजी एक शाखाको रुपमा स्थापित  भइ साबिकको भेटेरिनरी इपिडेमियोलोजी केन्द्रले गर्ने गरेको पशु रोग रिपोर्टिड्ग तथा सूचना प्रणाालीलाइ व्यवस्थित गर्न प्रयासरत रहेकोछ ।